Babaoğlu 12 Eylül’de hayatını kaybedenleri rahmet ve dua ile andı.
Babaoğlu mesajında şunları söyledi: 39 yıl önce bugün, Türk demokrasi tarihimize kara bir leke olarak geçen 12 Eylül askeri darbesi yaşanmıştır. Darbe sürecinde, yaklaşık 650 bin kişi gözaltına alınmış, 1 milyon 683 bin kişi fişlenmiş, 14 kişi cezaevlerinde açlık grevlerinde ölmüş, 171 kişi sorgularda ve cezaevi işkencelerinde can vermiş, 49 kişi idam edilmişti. 12 Eylül sabahı ülkemiz postal sesleriyle uyanmış, o güne kadar edindiği tüm demokratik kazanımlarını kaybetmiştir. Binlerce kişi karanlık zindanlarda, hapishanelerde, hücreler de yıllarca sorguya, hakaret, dayak ve akıl almaz işkencelere maruz bırakılarak hürriyetlerinden yoksun bırakılmış, ölümle sınanmış, yağlı urganlarla imtihan edilmişlerdir.
O dönemin diktatörleri ‘Bir sağdan bir soldan astık’ diyerek kamuoyuna duyuruda bulunmuşlardı. Anayasa ve hukuk kurallarını istedikleri gibi değiştirip kullanmışlardı. O zamanın darbecilerini tarih ‘zalimler olarak kayda geçmiştir. 12 Eylül Türk milletinin kalbinde sonsuza kadar mahkumdur.  Allah, ülkemizi yıllarca geriye götüren ve kalkınmasının önünde engel oluşturan 12 Eylülleri, 28 Şubatları ve 15 Temmuzları bir daha yaşatmasın. İdam sehpasında bile darbeye cuntaya boyun eğmeyen, Türk milletini sevmekten ve Allah yolunda yürümekten başka bir suçları olmayan Yusuf yüzlü fidanlarımız, Mustafa Pehlivanoğlu, Ahmet Kerse, Ali Bülent Orkan, Cengiz Baktemur, Cevdet Karakaş, Fikri Arıkan, Halil Esendağ, Selçuk Duracık ve İsmet Şahin’i rahmetle anıyorum, kabirleri nur mekanları cennet olsun.
Büyük Türk milletinin şerefli her ferdi; milletimizin  huzuru, istikbali ve geleceği için görev başındadır. Dün yapılanları unutmadık, ve herkes bilmelidir ki yapılanları ömür boyu unutmayacağız. Allah milletimize böyle acıları bir daha yaşatmasın.